Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego posiada jedną z największych w kraju kolekcję instrumentów naukowych i przyrządów laboratoryjnych. Część z nich można oglądać na stałej ekspozycji, głównie w tzw. "części drugiej ekspozycji". Udostępniana jest ona raz dziennie o godzinie 13:00 (zazwyczaj grupa z przewodnikiem mówiącym w języku angielskim) a w piątki o 11:00 w języku polskim.
Dodatkowo organizowane są okolicznościowo wystawy czasowe, o których informacje znajdują się w zakładkach na stronie Muzeum.
Wiele obiektów wypożyczanych jest na wystawy, organizowane przez inne Placówki.